系統安裝完成后，需要進行注冊。注冊的過程大致為通過納稅人識別號從稅務系統獲取相應的企業信息，保存到本地扣繳客戶端的過程，具體為:點擊安裝完成界面上的【立即體驗】(或點擊桌面“自然人稅收管理系統扣繳客戶端”快捷方式)，即進入注冊流程。注冊共有五步:第一步:錄入單位信息;第二步:獲取辦稅信息;第三步:備案辦稅人員信息;第四步:設置登錄密碼;第五步:設置數據自動備份。